Электронный каталог

24.5
Н 76
Новоселецкий, В. Н.
    Составление и анализ матриц аминокислотных замен для оптимального выравнивания последовательностей микробных родопсинов [Текст] / В. Н. Новоселецкий, Г. А. Армеев, К. В. Шайтан // Вестник Московского университета . - Москва, 2019. - №1. - С. 27-33. - (Серия биология)
ББК 24.5

Рубрики: Физическая химия

Кл.слова (ненормированные):
микробные родопсины -- гелиородопсин -- матрица замен -- энтропия -- выравнивание последовательностей -- поиск гомологов -- аминокислотные замены -- биоинформатика -- фотохимически активные белки -- прокариот -- эукариот -- электрохимический потенциал
Аннотация: Парное выравнивание аминокислотных последовательностей является основным инструментом биоинформатики, используемым как самостоятельно, так и в большом числе более сложных методов. Эффективность этого инструмента критически зависит от используемой оценочной функции, которая состоит из матрицы замен и штрафов за вставку. В настоящей работе выполнены построение и анализ матриц аминокислотных замен для надсемейства микробных родопсинов (RHOD), а также проведено их сопоставление с рядом матриц замен общего назначения (BLOSUM, VTML, PFASUM). Показано, что все матрицы позволяют строить выравнивания последовательностей микробных родопсинов практически одинакового качества, но лишь матрицы семейств BLOSUM и VTML, а также их линейные комбинации с матрицами семейства RHOD позволяют обнаруживать гомологию между микробными родопсинами и гелиородопсином.
Держатели документа:
ЗКГУ
Доп.точки доступа:
Армеев, Г.А.
Шайтан, К.В.